Die letzten Kilometer des Wachaumarathons verlaufen über die die B3, den Zellerplatz, Steiner Donaulände, Kaiser-Friedrich-Straße, Schillerstraße, Josef-Wichner-Straße, Südtirolerplatz, Utzstraße und Ringstraße bis zum Stadtpark. Trotz Straßensperren sind einzelne Punkte in der Innenstadt für Fahrzeuge aus Stein und Egelsee über die Alauntalstraße erreichbar. Der Südtirolerplatz ist über die Stöhrgasse und den südlichen Stadtgraben (wird als Einbahn in Richtung Steinertor geführt) erreichbar. Die Einbahnführung in der Alauntalstraße zwischen Gaswerkgasse und Stadtgraben wird ab ca. 08:30 Uhr in Richtung stadteinwärts umgedreht).
Stadtauswärts in Richtung Stein bzw. Egelsee gelangt man vom Pfarrplatz über die Stöhrgasse, den südlichen Stadtgraben, Kasernstraße, Gaswerkgasse und Alauntalstraße hin zur Dr.-Karl-Dorrek-Straße. Die Schmelzgasse wird als Einbahn in Richtung Norden geführt. Die Zu- und Abfahrt der Karl-Eybl-Gasse, Undstraße, Martin-Johann-Schmidt-Gasse, Meyereckstraße, Kaiser-Friedrich-Straße, Roseggerstraße, ist bis zur Kreuzung Kaiser-Friedrich-Straße für Anrainer über die Steiner Landstraße (Museumsplatz) möglich.
Der Kremser Osten (Rehberg, Mitterau, Weinzierl, Lerchenfeld…) und die Wachau sind ausgehend vom Pfarrplatz über den Hoher Markt, die Wegscheid und die Untere Landstraße erreichbar. Von dort gelangen Autofahrer:innen auf die Wiener Straße bzw. über die Austraße zur Auffahrt auf die B3 bei der Feuerwehr und von dort aus weiter zur Donaubrücke. Universitätsklinikum, Badearena und Stadtpark sind von Osten kommend über Austraße bzw. Bertschingerstraße erreichbar. Der Bahnhof ist über die Ringstraße uneingeschränkt erreichbar.
Die Schiffstation Stein ist bis 10:30 Uhr über die B3 erreichbar (nur Zufahrt bis Welterbeplatz gestattet). In der Zeit von 10:30 Uhr bis ca. 14:00 Uhr sind die Schiffstation bzw. der Welterbeplatz, der Campingplatz bzw. der Yachthafen nur über die Umleitungsstrecke von der Bertschingerstraße über die Alauntalstraße und die Dr.-Karl-Dorrek-Straße erreichbar (ab der Steiner Donaulände nur zu Fuß). Für Busse ist die Zufahrt in dieser Zeit nicht möglich. Gäste, die ihr Fahrzeug am Welterbeplatz abgestellt haben, müssen ihr Fahrzeug bis 10:30 Uhr entfernen oder bis ca. 14:30 Uhr warten.
Die Durchfahrt nach Loiben, Dürnstein über die Förthofstraße und den anschließenden Radweg nach Rothenhof ist erlaubt; hierzu erfolgt eine Gegenverkehrsregelung durch eine Ampelregelung. Hier sind Wartezeiten von viereinhalb Minuten zu erwarten.